엔택스(EnTax)

주 문

OOO세무서장이 2012.11.12. 청구법인 주식회사 OOO에게 한 2011년 제2기 부가가치세 O,OOO,OOO원 외 [별지 2] 목록 기재 부과처분은 주식회사 OOO이 청구법인으로부터 위탁받은 [별지 2] 목록 기재 2011년 11월 매출분에 대하여 전자세금계산서지연발급가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

 가. 청구법인 주식회사 OOO 등(이하 “위탁자”라 한다)은 광고업을 영위하는 법인으로, 주식회사 OOO(광고대행업을 영위하는 법인으로, 이하 “수탁자”라 한다)에게 광고판매를 위탁하였다.

 나. 수탁자는 아래 <표> 기재와 같이 2011년 11월 중 공급가액 합계 OOO원 상당의 위탁판매를 하고 이에 대하여 2011.12.9. 「부가가치세법」제16조 제2항 및 동법 시행령 제53조의2 제2항 제2호의 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “쟁점전자세금계산서①”라 한다)를 발급하면서 수탁자의 공인인증서가 아닌 수탁자 직원 개인의 공인인증서로 전자서명을 하였다가, 2011.12.14.부터 2011.12.15.까지 국세청장에 전송한 세금계산서 발급명세가 “전자서명 오류”를 이유로 반송되자, 세금계산서 발급기간을 경과한 2011.12.15. 수탁자의 공인인증서로 전자서명을 한 전자세금계산서(이하 “쟁점전자세금계산서②”라 한다)를 재발급하여 2011.12.15.부터 2011.12.16.까지 그 발급명세를 국세청장에 재전송하였다.

 다. 처분청은 쟁점전자세금계산서①은 발급자 명의와 전자서명 명의가 일치하지 아니하여 적법하게 발급된 것으로 볼 수 없고, 쟁점전자세금계산서②는 발급시기(세금계산서 작성연월일이 속하는 달의 다음달 10일)를 경과하여 발급되었다고 보아  [별지2] 목록과 같이 2012.11.12.부터 2013.3.18.까지 위탁자인 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 전자세금계산서지연발급가산세 총 OOO,OOO,OOOO(OOOO OOO,OOO,OOOO)을 각 경정・고지하였다.

 라. 청구법인은 이에 불복하여 [별지 2] 목록과 같이 2012.12.26.부터 2013.4.30.까지 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

   수탁자는 「부가가치세법」에서 규정하고 있는 전자적 방법(정보통신산업진흥원의 표준인증을 득하고 국세청으로부터 전자세금계산서 발급시스템으로 등록을 마친 ASP시스템을 통하여)으로 「부가가치세법」 제16조 제1항 각 호의 기재사항(세금계산서 필요적 및 임의적 기재사항)을 기재하여 기한내에 전자세금계산서를 발급 및 전송하였는바, ㉮ 「부가가치세법」에서는 공인인증절차만 거칠 것을 요할 뿐 전자서명의 명의가 세금계산서를 발급하는 자의 명의와 일치하여야 할 것을 명확하게 요구하고 있지 아니하고, ㉯ 전자서명은 인감날인과 동일한 의미를 가지는 것인데 공급자의 인감날인은 세금계산서의 필요적・임의적 기재사항에 해당하지 아니하여 인감날인을 누락하였거나 사실과 상이하다 하더라도 세금계산서의 효력에는 영향을 미치지 아니하므로(서삼46015-11715, 2002.10.11외 다수) 전자세금계산서 발급자의 전자서명 유무도 전자세금계산서 발급의 효력에 영향을 미치지 않는다고 보아야 함에도 쟁점전자세금계산서①의 전자서명 명의가 발급자 명의와 상이하다는 이유로 이를 적법하게 발급되지 않았다고 보는 것은 부당하다.

  (2) 설사, 수탁자가 기간을 경과하여 전자세금계산서를 발급한 것으로 본다 하더라도, ㉮ 수탁자는 국세청에 등록된 전자세금계산서 시스템사업자를 통해 쟁점전자세금계산서①을 발급하였는바, 국세청에 전자세금계산서 시스템사업자로 등록하기 위하여는 정보통신산업진흥원으로부터 전자세금계산서 표준인증 규정, 전자세금계산서 개발지침 등에 따라 표준인증을 받아야 하고, 전자세금계산서 개발지침 5.1.3에서 의하면 전자세금계산서의 공급자와 전자서명 생성자가 일치하는지를 확인하는 과정을 거쳐 본인 확인을 하도록 규정하고 있음에도 그러한 검증절차가 제대로 작동되지 않는 전자세금계산서 시스템 사업자에게 표준인증 및 등록을 해주고 이 건 전자세금계산서 시스템 사업자가 전자서명 검증을 제대로 하지 않은 채 전자세금계산서를 발급하도록 방치한 데에 정보통신산업진흥원과 국세청에게 관리감독의 책임이 있고, 수탁자가 발급자 명의와 전자서명의 명의가 일치하는 전자세금계산서를 기간내에 발급하지 못한 데에 전자서명 검증절차에 대한 관리책임이 있는 인증기관과 과세관청의 귀책사유가 납세자보다 더 크다 할 것이며, ㉯ 수탁자는 국세청이 등록된 전자세금계산서 발급 시스템에서 전자세금계산서 발급 당시 담당자 개인 공인인증서로 전자서명하였음에도 불구하고 전자세금계산서 발급이 정상적으로 이루어짐에 따라 전자세금계산서 발급이 정상적으로 이루어졌다고 오인할 수밖에 없었으며, 전자서명 오류 사실을 확인한 후에 과세관청은 물론 전자세금계산서 시스템 개발자에게 문의하여 해결방안을 찾는 등 적극적으로 해당 오류를 해결하려고 노력한 정황이 확인되는바, 위와 같이 전자세금계산서 전자서명 오류를 적기에 발견하지 못하여 세금계산서 발급기간을 경과한 후에야 전자세금계산서를 재발급하게 된 경위에 납세자의 의무해태를 탓하기 어려운 정당한 사유가 인정되므로 가산세를 부과하지 아니함이 타당하다.

  (3) 또한 위탁매출의 경우, ㉮ 위탁거래분에 대한 세금계산서가 위탁자 명의로 발급되기는 하나 그 발급 등의 업무는 수탁자가 담당하므로 해당 세금계산서에 대하여 위탁자가 선량한 관리자의 주의의무를 다하지 못함에 따라 발생하는 가산세만 위탁자에게 부과하는 것이 타당할 것인 바, 위탁자는 세금계산서의 발급에 대하여 세금계산서의 필요적・임의적 기재사항이 정확하게 기재되었는지를 확인하면 그 의무를 충분히 이행한 것으로 봄이 타당하고, 수탁자가 발급한 전자세금계산서의 전자서명이 수탁자의 명의와 일치하는지 여부까지 확인하는 것은 사실상 불가능하므로 수탁자가 발급한 전자세금계산서의 전자서명 불일치에 대하여 위탁자에게 주의의무 해태에 따른 제재를 가함은 부당하며, ㉯ 고의성 없는 단순협력의무 위반에 대하여 위반정도에 비해 가산세 부담이 지나치게 높지 않도록 2006년 세법 개정시 「국세기본법」 제49조에 따른 가산세 한도규정(의무위반의 종류별로 1억원의 한도 적용)을 신설한 취지에 비추어 볼 때, 수탁자의 귀책사유로 부담하게 되는 가산세를 위탁자에게까지 부과하면서 하나의 의무위반행위에 대하여 수탁자, 위탁자별로 각각 OOO원의 한도를 적용하여 가산세를 부과한 처분은 과도하다.

 나. 처분청 의견

  (1) ㉠ 「부가가치세법」 제16조 제2항에서 “법인사업자는  제16조 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서를 발급하여야 한다.”고 규정하고, 같은 법 시행령 제53조의 2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 전자적 방법”이란 “법 제16조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 말한다.”고 규정하고 있는 점으로 보아 관련법령에서 전자세금계산서 제도 도입 이후 “작성자의 전자서명”이 세금계산서 발급의 필수적 절차임을 분명히 하고 있을 뿐 아니라, ㉡ 이를 구체화한 같은 법 시행규칙 제16조의2 제1항에서 “전자세금계산서는「전자문서 및 전자거래 기본법」(이하 “전자거래기본법”이라 한다) 제24조 제1항에 따라 제정된 전자세금계산서의 표준에 따라 생성ㆍ발급ㆍ전송되어야 한다.”고 규정하고 있고, 전자거래기본법에 의해 제정된 표준인「전자세금계산서 개발지침」에서 “전자세금계산서는 표준문서 규약에 맞게 문서를 생성하여 공급사업자의 공인인증서로 전자서명을 한 후 전송해야 한다.”고 전자세금계산서 발급시 “공급사업자의 전자서명”을 할 것을 명확히 규정하고 있으며, ㉢ 「전자세금계산서 시스템을 구축・운영하는 사업자가 지켜야 할 사항에 관한 고시」(국세청 고시 제2011-12호. 2011.5.9.) 제6조 제1항에서도 이를 확인하는 차원에서 “전자서명 오류 등 전자거래기본법 제24조 제1항에 따라 제정된 표준에서 규정한 오류가 발생한 경우 또는 검증이 불가능한 경우에는 반송처리되며 전자세금계산서가 발급되지 않은 것으로 간주한다.”고 규정하고 있는바,「부가가치세법」 및 관련 규정을 종합하면 전자세금계산서 발급시 발급자의 공인인증서로 전자서명하여 발급할 것을 명시적으로 요구된다고 보아야 한다.

  (2) ㉮ 수탁자가 법인의 공인인증서를 사용하여야 함에도 직원 개인의 공인인증서를 사용함으로써 전자거래기본법 제24조 제1항에 따라 제정된 표준내용대로 생성・발급되지 아니한 책임이 수탁자에게 있고, 그러한 잘못은 가장 중요하고 핵심적인 귀책사유에 해당하므로 다른 사유로 정당화 될 수 없으며, ㉯ 정보통신산업진흥원의 표준인증을 받고 국세청에 등록된 전자세금계산서 시스템사업자를 통하여 전자세금계산서를 발급하였으나 동 시스템에서 전자서명에 대한 검증절차가 제대로 이루어지지 않았다고 하여 수탁자가 잘못된 전자서명을 사용하고도 어떤 대비나 점검 없이 발급기간과 전송기간에 임박하여 전자세금계산서를 발급・전송한 결과 그 오류를 적기에 시정하지 못한 데에 대한 책임이 면제될 수 있는 것은 아니고, ㉰ 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하는 것이어서 수탁자가 서명을 잘못한 것에 정당한 사유는 인정될 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

 (3) ㉮ 수탁자가 위탁자로부터 위탁받은 매출을 하고 위탁자를 공급하는 자로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 매출거래 및 세금계산서 발행의 효과는 위탁자에게 귀속되는 것이므로 세금계산서 발급의무 해태에 대한 가산세도 위탁자에게 귀속되어야 하며, ㉯ 가산세 한도는 사업자별로 적용되는 것이므로 수탁자가 위탁자 명의로 세금계산서를 지연발급한 것에 대하여 위탁자에게 가산세를 부과하면서 수탁자와 위탁자별로 가산세 한도를 적용한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

  (1) 전자세금계산서 발급자인 사업자의 전자서명이 아닌 그 직원의 전자서명이 수행된 전자세금계산서를 적법하게 발급된 것으로 볼 수 있는지 여부 

  (2) 전자세금계산서를 지연발급한 데에 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부

  (3) 수탁자가 위탁자 명의로 전자세금계산서를 지연발급한 것에 대하여 위탁자에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부

 나. 사실관계 및 판단

  (1) 「부가가치세법」 제16조 제2항에서 “법인사업자는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서를 발급하여야 한다.”고 규정하고 있고, 이를 구체화한 같은 법 시행령 제53조의 2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 전자적 방법”이란 “법 제16조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 말한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제16조의2 제1항에서 “전자세금계산서는 「전자문서 및 전자거래 기본법」(이하 “전자거래기본법”이라 한다) 제24조 제1항에 따라 제정된 전자세금계산서의 표준에 따라 생성ㆍ발급ㆍ전송되어야 한다.”고 규정하고 있다.

  (2) 전자거래기본법에 따라 제정된 전자세금계산서의 표준인「전자세금계산서 개발지침v1.0(지식경제부 고시 제2009-37호)」2.2.2.에서는 전자세금계산서 발행방법에 대하여 “전자세금계산서를 발행하는 사용자는 ① 시스템에 데이터를 입력하고 ② 이를 KEC 표준전자세금계산서v.3.0 문서로 생성하여 ② 동 문서에 전자서명을 포함하여야 한다”고 정하고 있고, 동 지침 5.1.1.에서는 전자서명의 목적은 “전자세금계산서에 대한 공급사업자 본인확인, 무결성 확보 및 부인 방지”이며, 따라서 전자서명의 주체는 “전자세금계산서를 발급하는 공급사업자(또는 위수탁세금계산서의 경우 수탁사업자)”라고 명시하고 있으며, 동 지침 5.1.3.에서는 전자세금계산서의 법적 효력 발생을 위하여 전자세금계산서 발급자가 전자서명을 수행한 후 전자서명 발급 시스템은 “전자서명 검증 후 전자세금계산서의 공급사업자와 전자서명문 생성자가 일치하는지를 확인하여야 하며 이는 vID 검증방법을 통해 수행하여야 한다”고 정하고 있다.

  (3) 수탁자가 전자세금계산서 발급시 사용한 전자세금계산서 시스템은 정보통신산업진흥원으로부터 전자세금계산서 표준인증(유효기간 2011.2.28.˜2014.2.27.)을 받아 국세청에 등록한 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 제공한 것으로, OOO는 “이 건 전자세금계산서 발급 경위는 아래와 같으며, 그 과정에서 전자세금계산서 발급자와 전자서명 생성자가 일치하는지 여부에 대한 검증이 수행되지 못하였다”는 취지로 확인서를 작성하여 우리원에 제출하였다.

   (가) 수탁자는 2011.11.23. 전자세금계산서 시스템에 등록된 수탁자의 공인인증서 유효기간 만료로 동 시스템에 공인인증서를 갱신등록하면서 담당자의 실수로 담당자 자신(김OOO)의 공인인증서를 수탁자의 공인인증서로 등록하였으나, 위 시스템에서는 사업자와 공인인증서 정보가 일치하는지에 대한 검증을 시행하지 아니하여 김OOO의 공인인증서가 수탁자의 공인인증서로 등록되었다.

   (나) 수탁자는 2011.12.9. 세금계산서 발급을 하기 위하여 위 시스템에 기등록된 김OOO의 공인인증서로 수탁자의 로그인을 한 후, 시스템에 2011년 11월 거래분의 정보를 입력하여 전자세금계산서 문서를 생성하였고, 위 시스템은 세금계산서 발급의 전자서명 수행을 위하여 추가로 발급자의 공인인증을 거치거나 기존의 등록된 공인인증서가 전자세금계산서 발급자와 일치하는지 여부에 대한 검증을 실행하지 아니한 채 기등록된 김OOO의 공인인증서로 수탁자의 전자서명을 수행하여 전자세금계산서를 발급한 결과 수탁자가 발급한 쟁점전자세금계산서①에는 수탁자의 전자서명이 아닌 김OOO의 전자서명이 수행되었으며, 전자세금계산서 발급 과정에 오류가 없는 것으로 취급되어 정상적으로 전자세금계산서 발급시스템이 작동되었다.

   (다) 2011.12.14. 수탁자가 다시 위 시스템에 기등록된 김OOO의 공인인증서로 수탁자의 로그인을 하여 쟁점전자세금계산서① 발급명세를 국세청에 전송하자, 같은 날 국세청은 전자세금계산서 발급자의 전자서명 오류를 이유로 이를 반송하였고, 수탁자는 같은 날 다시 위 시스템에 수탁자의 공인인증서를 재등록하여 동 공인인증서로 전자세금계산서②를 재발급하여 당일 그 발급명세를 국세청에 재전송하였으나 전송량이 많아 익일 오전에야 전송이 완료되었다.

  (4) 쟁점①에 대하여 본다.

   전자세금계산서 제도는 투명한 거래질서 확립 등을 위해 도입된 것으로 그 목적 달성을 위하여 “법령에서 정한 방식”으로 기간 내에 전자세금계산서를 발급하여 국세청장에 전송하도록 강제하는 것이 필수적일 것인바, 「부가가치세법」 제16조 제2항, 같은 법 시행령 제53조의2 제4항, 같은 법 시행규칙 제16조의2 제1항, 「전자거래 기본법」제24조 제1항,  및 「전자세금계산서 표준개발지침」 등 관련 규정 내용을 종합하면 「부가가치세법」에서는 전자세금계산서에 대한 발급자의 본인확인, 무결성 확보 등을 위하여 전자세금계산서 발급시 발급자의 동일성을 확인할 수 있는 공인인증서로 전자세금계산서에 전자서명을 할 것을 요구하고 있는 것으로 판단된다.

   따라서, 발급자 본인의 전자서명이 수행되지 아니한 쟁점전자세금계산서①은 적법하게 발급된 전자세금계산서로 보기 어렵다.

  (5) 쟁점②에 대하여 본다.

   수탁자가 발급한 전자세금계산서에 타인의 전자서명이 수행된 데에 수탁자에게 1차적인 잘못이 있는 것은 사실이나, ㉮ 「전자세금계산서 개발지침」(5.1.3.)에서는 시스템이 전자세금계산서의 공급사업자와 전자서명문 생성자가 일치하는지를 확인하기 위하여 vID검증을 수행하여야 한다고 규정하고 있음에도 이 건 전자세금계산서 시스템이 그 검증을 제대로 수행하지 못하고 수탁자가 작성한 전자세금계산서에 타인의 전자서명이 수행된 오류를 간과한 채 전자세금계산서를 발급한 결과 수탁자가 발급기간을 경과한 후 국세청장으로부터 전자세금계산서를 반송 받고서야 해당 오류를 발견하여 발급기간 내에 세금계산서 재발급을 하지 못하게 된 사정이 있는 점, ㉯ 정보통신진흥원은 전자세금계산서 시스템에 대한 표준인증을 부여함에 있어 전자세금계산서 개발지침에 따라 전자세금계산서의 전자서명에 대한 검증을 적절하게 수행하는 시스템에게만 표준인증을 부여하여야 함에도 전자서명 검증기능이 미비한 위 시스템에 표준인증을 부여한 점, ㉰ 전자세금계산서에 기재되는 거래당사자 및 발급자의 인적사항은 전자서명과는 별도의 정보 입력을 통해 이루어지므로 전자서명 불일치가 세금계산서 기재사항 오류로 이어지는 것은 아닌 점, ㉱ 그와 같은 이유로 적기에 발급된 쟁점전자세금계산서①은 그 전자서명이 발급자와 불일치 할 뿐 세금계산서 기재사항은 모두 사실에 부합하게 기재되어 있었고, 수탁자가 국세청으로부터 세금계산서 발급명세를 반송받아 전자세금계산서 발급 오류를 발견한 즉시 그 오류를 시정하여 전자세금계산서②를 재발급・재전송하는 등 오류 시정을 위해 최선을 다한 결과 처분청으로서는 과세자료를 수집하는 데 지장이 없었던 점 등을 종합하면 수탁자가 적기에 적법한 전자세금계산서를 발급하지 못한 것은 위와 같이 수탁자 담당자의 전자서명 오류라는 1차적인 과실 뿐 아니라, 전자세금계산서 시스템 사업자가 전자서명 검증을 부실하게 한 과실 및 관리감독기관이 이에 대한 관리감독을 소홀히 한 과실이 모두 경합하여 발생한 문제임에도 이에 대하여 전자세금계산서지연발급가산세를 부과함은 위와 같은 지연발급 경위 및 이에 이른 납세자의 의무해태 정도에 비하여 과도한 제재라 할 것이다.

  따라서 처분청이  [별지 2] 목록 기재 거래분에 대하여 청구법인에게 전자세금계산서지연발급가산세를 부과한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. 

(6) 위에서 본 바와 같이 쟁점②에서 청구주장이 받아들여져 쟁점③에 대하여는 심리실익이 없으므로 이에 대한 심리를 생략한다.

4. 결  론

  이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.